سومین جلسه ژورنال کلاب‌های انجمن بیوانفورماتیک در سال 1404
موضوع جلسه: 
متدی پیشرفته برای دسته‌بندی  توالی ها گیرنده ایمنی
 

سخنرانان:

آقای پارسال اسماعیلی، خانم فاطمه چاکرحسینی
دانشجویان کارشناسی ارشد داده‌کاوی، گروه علوم کامپیوتر، دانشگاه شهید بهشتی 
 
 
🔹زمان برگزاری: سه‌شنبه‌ 18 آذر ساعت 15


🔹محل برگزاری:

دانشگاه امیرکبیر، دانشکده ریاضی و علوم کامپیوتر، طبقه سوم،

اتاق ۳۱۳ ،آزمایشگاه زیست محاسباتی CBRC

 

⚠️ شرکت برای عموم آزاد است. دوستان غیر امیرکبیری لطفاً برای ورود از درب رشت استفاده نمایند.
 
چکیده جلسه:

سیستم ایمنی تطبیقی انسان برای شناسایی و خنثی‌سازی میلیون‌ها نوع پاتوژن مختلف، به طیف عظیمی از گیرنده‌های سلول‌های B و T متکی است. این گیرنده‌ها با وجود تعداد محدود ژن‌های انسانی، از طریق سازوکارهایی مانند بازآرایی V(D)J، تنوع الحاقی و هایپرموتاسیون سوماتیک، به تنوعی در حد میلیاردها گونه می‌رسند. شناسایی دقیق این گیرنده‌ها در داده‌های زیستی، به‌ویژه هنگام بررسی پاسخ ایمنی پس از عفونت یا واکسیناسیون، یکی از چالش‌های مهم پژوهش‌های ایمنی‌–ژنومی است.

 
در این ارائه، یک الگوریتم جدید و سریع برای تشخیص گیرنده‌های ایمنی تطبیقی (AIR) و تعیین کلاس آن‌ها (IGH, IGK, IGL, TRA, TRB, TRG, TRD) معرفی می‌شود. این روش با استفاده از پروفایل‌سازی آمینواسیدیِ توالی‌های مرجع V و J، ترجمه‌ی شش‌فریمی توالی‌های ورودی و محاسبه‌ی امتیازهای تطبیقی، قادر است نواحی V و J را با دقت بالا شناسایی کرده و توالی‌های AIR را از توالی‌های غیرایمنی تفکیک کند.
 
نتایج مقایسه با ابزارهای رایج مانند MiXCR، Trust4، Vidjil و IMGT/HighV-QUEST نشان می‌دهد این الگوریتم:
 
  • سرعت بالاتری دارد (به دلیل ساخت یک‌باره‌ی پروفایل‌ها)،
  • دقت بیشتری ارائه می‌دهد (تحلیل در سطح آمینو اسید و ۶ فریم)،
  • هیچ محدودیتی در طول یا تعداد توالی‌ها ندارد،
  • و برای تحلیل داده‌های حجیم بسیار مقیاس‌پذیر است.
 
این روش در واقع پلی میان زیست‌شناسی مولکولی و الگوکاوی محاسباتی ایجاد می‌کند و فرآیند پیچیده‌ی شناسایی گیرنده‌های ایمنی را به شکلی سریع، قابل اتکا و قابل توسعه قابل انجام می‌سازد.