شبیه‌سازی دینامیک مولکولی (MD) یکی از تکنیک‌های پرکاربرد در بیوانفورماتیک ساختاری است. این روش نقش مهمی در درک و بررسی ساختارهای زیستی و فرایندهای پویای آن‌ها ایفا می‌کند. از مطالعه پروتئین‌ها و پپتیدها تا پیچیدگی‌های بزرگ مانند غشاهای زیستی، همه با انواع مختلفی از MD قابل انجام است. علاوه بر شبیه‌سازی‌های MD سنتی و معروف، روش‌های جدیدی در حال توسعه است که می‌توانند انرژی آزاد، پارامترهای ترمودینامیکی و فرایندهای واکنش شیمیایی را ثبت کنند. هدف اصلی این حوزه شبیه‌سازی یک سیستم است که نزدیک به شرایط طبیعی باشد. در این سمینار، اصول، کاربردها و مطالعات درباره چندین تکنیک مانند SMD، REMD، aMD و متادینامیکس مورد بحث قرار خواهد گرفت.