انجمن بیوانفورماتیک ایران

سمپوزیوم‌های
دانشجویی

Molecular dynamics simulation using VMD and NAMD

خلاصه ارائه
 
آشنایی اولیه با نرم افزار VMD و NAMD . 
آشنایی با سایت rcsb.org  و دیتا بیس PDB . 
آشنایی با انواع فایلهای ساختاری pdb و topology  و … 
نمایش انواع مولکولها در VMD . 
ساخت فایل PSF برای پروتیین و لیگاند‌ توسط نرم افزار VMD و سایت  CHARMM-GUI.ORG.
آشنایی با دینامیک مولکولی و نحوه ی محاسبه ی واکنشهای بین مولکولی توسط نرم افزار NAMD .
آنالیز خروجی های NAMD و نیروهای بین مولکولی. 
 
در این کارگاه سعی شده موارد فوق برای پروتیین های غشایی ویروس COVID-19 و لیگاندهای مختلف، بررسی شود.
 
مدرس
نوید وزیری‌نسب، دانشجوی کارشناسی ارشد دانشگاه صنعتی امیرکبیر
 
زمان برگزاری
 ۲۴ بهمن ۱۴۰۲، ساعت ۱۷ الی ۲۰
 
با ارائه مدرک معتبر پس از پایان سمپوزیوم